本と物理と戯れる

本の感想、物理、その他という感じで書いていきます。どうぞ、よろしくお願いします。

【メモ】【物理】vestaで物質の結晶構造のきれいな図を作る

みなさんはご存知でしょうか?

vestaというものすごい便利なアプリケーションを・・・

 

大学の実験で使う機会がありインストールしたのですが、めちゃくちゃ便利じゃないですか!!!

 

ここでは、こんな便利なものがあったんだよ~という紹介と、将来何かで必要になったときにそういえばこんなものがあったなと覚えておくためのメモ程度の話になります。

 

vestaを一言で言うと、

「結晶構造のデータファイルをほかの有料サイト(今回はICSDというデータベースを使いました)からダウンロードしてそのデータを基に結晶構造を表示する」

というアプリケーションです。

個人で使いたいとなると、例えばICSDと契約してお金を払えば使えると思います。興味のある人はぜひ調べてみてください。僕はICSDに関しては正直名前を知っているくらいです。後は、そこに様々な物質の結晶構造の性質が書いてあるという感じです。

そんなのデータベースファイルなんだから当たり前だろ!と思うかもしれませんが、温かい目で見てあげてください。

大学の実験の研究室だと研究室やもっと大きなグループ単位で契約するところもあるようで、その研究室に入っていれば使えるみたいな感じなんですかね。

 

vestaでできること

これも今回の実験で少し使った程度で、基本的なことしか分かりませんが、それだけでも十分面白いものだと思います。

言葉だけでは何もイメージがわかないかもしれません。申し訳ないです。

例えば、NaClの結晶構造を思い浮かべていただけると良いと思います。

下はWikipediaのものを引用しました。立方晶です。

f:id:aidenn:20180130164410p:plain

まず、ファイルを読み込んで、上のような結晶を表示させます。

ここからできることは、僕がやってみたこととして

・回転

・平行移動

・拡大、縮小

・連結(各方向にいくつもつなげられる)

・原子間距離の測定

・角度の測定(やってる人がいた)

・消したい部分を選択して消去(もちろん元のデータからなくなるのではない)

・原子の種類ごとの表示、非表示

・表現方法もいろいろあって、原子間の結合の棒を表示、非表示選択できる

 

このほかにもたくさんの機能があって使いこなせる人がいるのか分かりませんが、(どちらかというと化学の分野にいそうですね)発表するときにきれいな図、というかその物質の特徴をうまく捉えた図を作りたいですよね。

このソフトが使いこなせれば、それが可能になるわけです!

いつも、教授のスライドに出てくるきれいな結晶構造の図は一体どうやって作っているのだろう?と思っていましたが、きっとこのソフトか、これと同じようなソフトを使っているということですね。納得です(笑)

 

さてさて、そんなわけで便利なソフトの存在(と簡単な機能)をメモしてきました。

果たして1年後に見て、

「あぁ~、確かこんなことやってたな~」となるのか。

それとも、

「あれ、この記事本当に自分で書いたのか?」(完全に忘れた)

となるのか。

まぁ、使う必要がないと忘れてしまいますよね。そのためのメモなんです。

以上